가장 흔한 부작용으로는 각막의 상처로 통증을 호소하는 경우.
주로 렌즈를 뺄 때 자주 일어난다. 각막(까만 동자)은 매우 예민한 감각을 가지고 있기 때문에 조금만 벗겨지거나 상처가 나도 통증이 심하다.
소프트 렌즈를 오랜 시간 착용한 경우는 산소 투과가 원활하지 않은 상태이므로 각막 상피세포가 부어 있는 상태. 두 손가락으로 집어내듯 빼낼 때 각막에 상처를 주기가 쉽다.

또, 흔한 증상으로는 각막 궤양을 들 수 있다.
렌즈를 오래 착용한 경우 각막이 세균이나 곰팡이, 아메바 등으로 감염된 것. 감염 부위가 각막 가장자리라면 다행이지만 각막 중심부라면 뿌옇게 남아 있는 경우가 있다.
이 때는 각막 이식수술을 받아야 한다.

만약 렌즈를 뺀 후나 혹은 착용했을 때 통증이 심하다면, 지체하지 말고 병원을 찾아가야 한다. 절대로 눈을 비비거나 물로 씻지 말 것.
또 약국에서 구입한 안약을 사용하는 것은 절대 금물이다.